在很远的未来，小行星撞击地球导致毁灭性打击，幸存的人类被迫转入地下生活，组建了新的秩序——联合议会。联合议会在P.T.H.财团的帮助下，通过基因强化实现了人类重返地面，开启了新时代。

在人类重返地面第10年，部分被强化的人类发生变异，引起恐慌。一个名为“克洛托教团”的神秘组织公开指责联合议会的基因强化造成变异发生，并散布各种流言，使联合议会区域内不断爆发抗议。

抗议最终变成一场大暴动，“基因危机”爆发。危机初期， 克洛托教团利用拥有强大战斗力量的“通感者”占据上风；但当联合议会授权民间武装以及获得P.T.H.财团的支持后，局势开始发生改变

最终，联合议会击溃了克洛托教团，获得战争胜利。“通感者”和残余教团成员藏匿暗中，试图重新积蓄力量；P.T.H.财团因支持联合议会而名利双收，更将势力向联合议会权力中心扩张；联合议会则秘密接纳愿意效忠的“通感者”建立培训营，试图训练出类似“通感者”的新战力。